基本上，在醫院潔凈室、化妝品車間、消毒品車間、電子廠車間、GMP車間（藥廠）、生物安全柜、乳制品車間、食品車間、醫療器械車間、制水車間等潔凈車間檢測中，有許多時候會涉及到沉降菌的檢測，但每類也不全然相同：不同標準對于沉降菌平皿數的規定稍有不同。在布置位置上，個別標準也有較大的差異，要視具體情況來確定檢測方法等。
沉降菌指落在地面或物體表面的灰塵中攜帶的細菌。在無菌操作臺開啟的狀態下，取內徑90毫米的無菌培養皿若干，無菌操作分別注入融化并冷卻至45℃的營養瓊脂培養基越15毫升，倒置于30~35℃培養箱培養48小時，證明無菌后備用。
將已鋪有營養瓊脂培養基的培養皿放在指定區域距地面約1米的規定處(一般每10平方米放置一個平皿)，在空氣中暴露30分鐘，采集沉降菌，蓋好平皿蓋兒，置30-35℃培養箱內培養48小時，取出計數，車間內應為操作狀態。檢測沉降菌數量，每碟小于或等于10個，便能達到10萬級凈化車間標準。
一般來說，沉降菌法監測每月一次便可。凈化車間工程常用的儀器有溫濕度表、溫濕度計、數顯風速儀、紅外溫度計、壓差計、多功能聲級計、粒子計數器、風量儀等，它們是常規的實時檢測設備，幫助檢測是否達到10萬級凈化車間標準。
